基于目前农业现状，积极寻求高效环保的化肥替代品，积极探索农业废弃物资源化利用的方式，已成为国内外农业研究的热点。
在此背景下，生物有机肥以其独特的优势为农业废弃物和作物生长搭建起一座桥梁，开辟出一条以“农业废弃物-生物有机肥-作物”为循环模式的可持续发展道路。
首先，施用生物有机肥是提高土壤基础地力、改善农产品品质的重要途径。生物有机肥研制和生产的初衷是集有机肥料和生物肥料优点于一体，既有助于提高作物产量，又能培肥土壤、调控土壤微生态平衡、减少无机肥料用量，从根本上改善农产品品质，符合中国农业可持续发展和绿色农产品生产的方向。
其次，生产生物有机肥是农业废弃物资源化利用的重要手段。农业废弃物中含有丰富的作物生长必需的营养元素和有机养分，将其资源化利用制成生物有机肥，通过微生物的作用使有机物矿质化、腐殖化和无害化，以供作物吸收利用，不仅可以缓解农业废弃物对环境的压力，也可以变废为宝，获得一定的经济效益。
综上所述，生物有机肥作为一种高效无污染环保型产品，是农业可持续发展的必然选择。
一、有机原料发酵菌种生产要求如下：
1、原料要求：有机肥生产发酵的原料覆盖面非常广，像是果汁厂和糖厂生产完成后的果渣、甘蔗渣、糖渣等，酒厂的酒糟，各类农业副产品加工行业的淀粉渣、木薯渣、豆腐渣、油渣、油饼、麦麸，养殖业产出的畜禽粪污，屠宰场的下脚料，以及城市生活垃圾中的食物残渣、人类粪污等均可以用来发酵有机肥。
2、水分要求，水分是有机肥发酵过程中影响非常大的一个因素，通常来说，发酵原料中的含水率要保持在60%-65%左右，比较简单地一个判定方式就是抓起一团原料，使劲抓握，指缝间能刚刚好开始出水，但是并不会成串滴落即可。
3、发酵菌种，菌种即含有大量高活性好氧发酵菌的添加剂，好氧发酵菌是有机肥发酵的必备条件，在投料时要根据原料均匀混合足够的好氧菌种。
4、温度要求，好氧菌的生长繁殖对于温度有一定的要求，最适合的温度是在60℃-70℃之间。虽然好氧发酵过程本身会产生一定的热量，但是对于发酵环境的保温和降温也要做好。
发酵的起步温度最好能在环境温度15℃以上，之后可以根据发酵方式的不同选择合适的时机进行翻抛作业，控制原料内部的温度不要过高。
二、生物有机肥的生产步骤如下：
1、混合物料：首先将作物秸秆粉碎，与粪便混合，混合同时加入适量的加生物发酵剂，以发酵剂说明书为准，发酵剂需提前与麸皮等按1：10的比例混匀再撒入料堆中，混拌均匀。
2、物料调节：每吨最好加入3-5斤尿素调节一下碳氮比，并根据湿度情况适度加水调节湿度达60%左右。
3、物料做堆：在做堆时不能做的太小太矮，太小会影响发酵，高度在1.5米～2米，宽度2米，长度根据场地大小，不限，。
4、温度要求：四季可作业，不受季节影响，但冬季开始发酵时的温度应保证在15℃以上，尽量在室内或大棚内发酵。
5、翻堆通气：发酵时要适当翻堆，保证氧气供应，升温控制在65℃左右，温度太高对养分有影响。
6、发酵时间：一般7-10内可发酵完成，物料呈黑褐色，温度开始降至常温，表明发酵完成。如锯末、木屑、稻壳类辅料过多时。
3、生物有机肥料配料
基本原料：鸡粪、鸭粪、鹅粪、猪粪、牛羊粪等;秸杆类，尤以豆科作物的秸杆为最佳;制糖工业的滤泥、蔗渣、甜菜渣等;啤酒厂的啤酒泥、酒糟等;各种饼粕：豆饼、棉仁饼、菜籽饼等草(泥)碳;食用菌渣(糠)。
三、生物有机肥的堆制步骤如下：
1、配料：
根据基本(参考)配方或自选配方，并将各成分粉(切)碎后混匀，调节含水量;
2、接种：
将菌剂稀释后均匀喷洒在混合物料上;
3、发酵：
将接种后的物料堆放在发酵棚里，堆宽2米左右，堆高80厘米左右(以操作方便为宜)，长度不限;发酵时间10~15天(视环境温度而定)。当料温达到50度到60度后维持几天时间，以彻底杀灭杂菌和虫卵。如果只需做到普通的有机肥，保持好氧发酵，直到发酵完成;建议进一步做到生物有机肥，在除虫杀菌完成后改为厌氧发酵，堆温控制在35度，会逐渐产生酒曲香味，发酵完成后质量指标完全符合国家标准，附加值也将大大提高。
4、有机肥料发酵腐熟
生粪以及一些有机物料是不能够直接用于农业种植生产的，这是由于未经腐熟发酵的生粪等有机物料中含有大量的病害病原体，必须经过发酵、升温后才能彻底清除。其次未经腐熟的有机物料直接施用在土壤中会进行自然发酵，自然发酵会产生大量的热量，就会导致烧根现象。国家政策明令禁止生粪不能入田，要使用发酵腐熟之后的有机肥。
堆肥是在一定条件下通过微生物的作用，使有机物不断被降解和稳定，并产出一种适宜于土地利用的产品的过程。
堆肥发酵是微生物的代谢活动过程，微生物在其中起主要作用，是否能够发酵成功取决于微生物是否能够正常繁殖生长代谢。微生物的生长繁殖条件有水分、氧气、养分、温度，堆肥发酵是好氧发酵，厌氧情况下，酵母菌等厌氧菌会比较旺盛，生产腐殖质等有机因子的芽孢杆菌、放线菌，乳酸菌等属于好氧菌就无法正常生长繁殖。发酵剂提供的就是发酵所需微生物菌种，微生物经过生长代谢所产生的热量会杀死大量的粪便中的有害菌和虫卵，微生物代谢的产物是为作物提供生长的有机养分。